交大体育的历史可上溯至1896年刚刚成立南洋公学时期，秉承交大“起点高、基础厚、要求严、求创新”的优良教育传统，经过120多年的发展逐步形成了“强国强身、崇尚文化、注重体育、健康向上”的思想。
1897年，在《蒙学读本》中就提出“泰西之学，其旨万端，而以德育、智育、体育为纲。”
1898年，开创性地设立了体操课，举办首届全校运动会，比1910年的全国性运动会早12年。
1901年，交大组建校足球队，并积极与兄弟高校开展比赛。
1907年，技击、田径、体操等项目广泛开展，并列入课堂教学。
1912年，成立技击部，并于1915年起将技击运动列入本校运动会项目。
1914年，联合金陵、东吴、沪江、圣约翰和之江大学成立六大学体育会，定期组织体育比赛。
1916年，增设足球、网球、篮球、垒球、游泳、野外赛跑、技击、童子军8个部。
1921年，规定“体育与德育、智育并重”，“体育不及格时，虽其他科目及格不得毕业。” 提倡晨操，实行强迫性运动以及开展游泳、棒球运动和一年一度的运动会等。
1922年，学校技击队成立十周年之际，孙中山先生特别题词“强国强种”，逐渐形成了“强国强身、崇尚文化、注重体育、健康向上”的体育思想。
1932年洛杉矶奥运会，中国代表团第一次参加奥运会，交大体育馆主任申国权作为代表参加开幕式，以昂扬的步伐迈出了中华民族走向奥运的第一步。
1953年，随着院系调整，设体育教研组。
1955年，改体育教研组为体育教研室。
1958年，成立运动队及体育训练班。运动队有赛艇、排球、篮球、足球、垒球、乒乓球、体操、游泳、举重、田径等10支队伍。1959年，确定篮球队为学校重点队。
1986年，成立体育系，组建学生体育总会，组织多种课余体育活动和竞赛。
1987年，全国首批获得“试办高水平运动队学校”资格。
2011年，获准成立体育学一级学科硕士点。
2012年，获准成立体育专业硕士学位点。
2016年与美国明尼苏达大学联合培养双学位。
2019年，游泳达标作为毕业审核条件、体质测试成绩进入成绩大表。
2020年，软科“中国最好学科排名”中位列全国体育学学科第4。
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