上海交通大学体育教育教学工作坚持育人为先，使学校体育成为立德树人的重要载体、成为弘扬与践行社会主义核心价值观的重要阵地、成为完善学生人格的重要途径；坚持强体为重，充分发挥学校体育在强健学生体魄中的重要作用，使学生切实获得良好的体育意识、技能和习惯；坚持增值为上，将提升学校体育各领域的质量为工作出发点，重点解决影响学校体育质量提升的关键问题，切实提升学校体育整体发展水平。
上海交大公共体育课程坚持“健康第一，全面育人，培养兴趣，提高技能”的教学思想，围绕创建世界一流大学的目标，以学生为本，构建以终身体育意识和掌握运动技能为内容、以学生身心健康为目标的新型教学模式。
根据《国务院办公厅关于强化学校体育促进学生身心健康全面发展的意见》和教育部《全国普通高等学校体育课程教学指导纲要》精神，为贯彻落实大学体育公共体育课“个性化”改革试点工作，倡导“以人为本，因材施教”的体育教学理念，围绕学校构建创新人才培养体系的发展目标，体育系在认真总结长期教学实践基础上，不断加大体育教学改革和课程建设的力度。
聚焦“学会、勤练、常赛”建设，帮助学生掌握1-2项运动技能，自觉形成良好锻炼习惯，实现构建课内外一体化的体育教育教学体系。2019年，首次将游泳达标作为毕业审核条件，写入本科生各专业培养方案和学生手册；《学生体质健康标准》测试实行全覆盖并将测试等级写入成绩大表、各专业培养方案和学生手册。
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