交大体育的长盛不衰还与我较重视体育科研分不开。因为体育运动离不开体育科研，体育科研为体育运动能提供科学依据。早在80年代以前，我校就开展了大学生体质综合评价等多项课题及论文研究。为了强化体育科研，我校于995年建立了体育研究所，这也是全国普通高校最早成立的体育研究机构之一。同时，我校还先后组建了运动训练学、体质研究、体育多媒体网络等研究学组，逐步形成了相应的组织管理体系。
远的不说，仅最近三年，体育系承担的国家级课题就有5项，省部级课题10项，出版的全国统编教材3部，其中获得省部级优秀教材2部，学校一等奖1项，另有3部教材正在进行之中。此外，教育部十五规划重点课题“大学生野外生存生活实验研究”、“大学体育课程体系改革及其实施方法的研究”己取得阶段性成果，入选奥林匹克体育科学和世界体育科学大会的论文有5篇。科研能力和总体水平在全国普通高校处于领先地位。由于我校能长期坚持体育科研，这为学校的体育运动发展打下了理论基础，为交大的体育发展提供了理论依据与发展后劲。
为了促进体育科研的发展与交流，体育系还凭交大影响力在近年举办了上海高校体育论坛，历时一年共12讲，加强了国际和地区体育学术交流与合作，先后邀请有关国内外专家学者来校讲学。2002年8月又成功举办了“第七届东亚体百科学论文报告会”，促进了东亚国家的体育学术交流，增进了友谊，进一步扩大了上海交大在东亚地区的影响，为提高我校的体育科研水平创造了新的条件。
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